De beste reistijd voor Bhutan zijn de maanden september tot en met mei, wanneer de temperaturen gemiddeld tussen de 18 en 24 graden zijn. Van december tot en met februari is het winter in Bhutan. Als je vooral door het zuiden en westen wilt reizen, dan is dat het hele jaar mogelijk. Ook het middengebergte is buiten de regentijd een prima bestemming. Wanneer je graag een trektocht in het hooggebergte wilt gaan maken, Kies dan voor de maanden april, oktober of november.
Het hoogseizoen in Bhutan zijn de maanden van maart tot en met mei en september tot en met november. In deze periode vinden ook de meeste festivals plaats en is het weer vergeleken met de andere maanden erg aangenaam. Tijdens de bekendste festivals kan het druk zijn en kunnen hotels wat lastiger te boeken zijn.
De maand augustus kan ook een bijzondere maand zijn om door Bhutan te reizen. Er zijn dan weinig toeristen in het land. In het laagseizoen is het over het algemeen kouder. De tarieven liggen in deze tijd van het jaar lager, wat zelfs door de overheid besloten is. In het laagseizoen kan Bhutan prima bereisd worden, houd alleen rekening met de koudere weersomstandigheden.
Binnen Bhutan zijn het vooral de grote hoogteverschillen die zorgen voor verschillende klimaten. Het klimaat van Bhutan is te verdelen in drie zones. In het zuiden is het vaak tropisch warm en regent het meer, terwijl het in het bergachtige noorden koud(er) en droger is. In het middengebergte heerst een mix van de klimaten in het noorden en het zuiden. Deze regio is het meest toeristisch. Hier schijnt de zon dan ook veel en zijn de temperaturen aangenaam.
De zomermaanden juni en juli worden overheerst door regen. De moesson kan zelfs zo heftig zijn, dat reizen lastig wordt door slecht begaanbare wegen en laaghangende bewolking.